В командной строке просто используйте:
ren *.html.html *.html
Или в PowerShell:
Dir *.html.html | rename-item -newname { [io.path]::ChangeExtension($_.name, "html") }
Оболочка будет самым простым вариантом и наиболее удобным для использования.Использование C было бы излишним.Любой язык сценариев (python, php) был бы более простым решением.
Если вы действительно действительно хотите сделать это в C, вы можете взглянуть на этот вопрос SO: Как мне пройти черезвсе файлы в папке, используя C?