Это должно помочь вам начать
import h5py
import numpy as np
file = h5py.File('quick.h5', 'w')
arr = np.random.uniform(0.0, 1.0, 10000)
dset = file.create_dataset("data", (len(arr),), h5py.h5t.NATIVE_DOUBLE)
dset[...]=arr
Не стесняйтесь скачать HDFview , чтобы изучить файл h5.
И чтобы узнать о h5py посещении https://www.h5py.org/