Да, вы можете добавить свои функции в Android.mk.Это make-файл, не более того.Вы должны только помнить, что Android.mk может быть включен более одного раза, если вы строите для разных ABI.
Пример функции, которая возвращает список файлов в данном каталоге, можно найти здесь .
Что касается all-subdir-java-files
, обратите внимание, что он принадлежит движку сборки AOSP, а не NDK.