Что я могу сделать, чтобы это исправить?
Перепроверьте, какое значение $ репозитория на самом деле находится во время выполнения скрипта.
Это означает: выведите строку
echo git clone -b branch "$repository"
Затем, если команда отображается скриптомявляется правильным (вы можете скопировать и вставить его вручную, и он работает), убедитесь, что скрипт используется с той же учетной записью, что и ваша.