Я следующее, что вы хотите:
def multiples_of_3(x, y):
y = y + 1
storage_list = []
for i in range(x, y):
if i % 3 == 0:
storage_list.append(i)
print(storage_list)
multiples_of_3(3, 9)
Вам просто нужно вывести оператор print за пределы цикла if и for, чтобы он печатался только тогда, когда оба этих оператора завершены.