Попробуйте следующее. Он должен активироваться только в том случае, если установлено свойство BUILD_NUMBER, поэтому вы все равно будете генерировать сборки с правильными именами, если не используете hudson.
<profiles>
<profile>
<id>hudson-build</id>
<activation>
<property>
<name>BUILD_NUMBER</name>
</property>
</activation>
<build>
<finalName>${artifactId}-${version}-${BUILD_NUMBER}</finalName>
</build>
</profile>
</profiles>
Я бы посоветовал поместить это в базовый файл pom.xml, который затем можно будет ссылаться как родительский для других ваших конфигураций pom.xml.
Список других свойств, которые Хадсон передает в сборки maven, см. http://weblogs.java.net/blog/johnsmart/archive/2008/03/using_hudson_en.html.