Существует отличное руководство по базам данных с Flask-sqlAlchemy здесь .
Самая простая идея, если я правильно понял ваш вопрос, это сделать запрос из двух частей. Сначала вы находите конкретную информацию в таблице 1, а затем связываете ее со вторым запросом, чтобы найти информацию в таблице 2 или, в конечном итоге, в таблице 3.
Конкретно, предположим, что это блог. У вас есть две таблицы: ваша таблица1 содержит всех пользователей (таблица1 = пользователи), а таблица2 содержит публикации пользователей (таблица2 = сообщения). Существует внешний ключ, который связывает две таблицы. Теперь вы хотели бы видеть все сообщения пользователя 'John'. Что вы делаете, это начинаете с поиска пользователя John, затем вы ищете все сообщения, связанные с ним:
>>> user = Users.query.filter_by(username='John').first()
>>> posts = user.Posts.all()