Пользователь 'root' для MySQL НЕ является тем же, что и пользователь root для входа в систему на компьютере, поэтому никаких побочных эффектов не должно быть, если вы предоставите соответствующие права пользователю mysql на рабочем сервере.
То есть пользователь, упомянутый в
$ mysql -u user -p password db_name
который может поделиться именем с пользователем, вошедшим в систему на компьютере, но не обязан.
РЕДАКТИРОВАТЬ: примечание - обычный пользователь может запустить mysql от имени пользователя root, если в
команда выше. Это не будет то же самое, что пароль root , если вы понимаете, о чем я.
Если неясно, вам обязательно следует ознакомиться со значением «root» в контексте MySQL.