В соответствии с документацией версии .NET Core могут устанавливаться бок о бок:
Пока существует один хост, большинство других компонентов находятся в каталогах с версиями(2,3,5,6).Это означает, что в системе может присутствовать несколько версий, поскольку они устанавливаются параллельно.