Вот один из вариантов:
const canvas = document.getElementById('canvas');
const context = canvas.getContext('2d');
let counter = 0;
setInterval(function() {
context.fillStyle = (counter % 2 === 0) ? 'blue' : 'white';
context.fillRect(10, 10, 80, 80);
counter++;
}, 1000);
#canvas {
width: 100px;
height: 100px;
}
<canvas id="canvas"></canvas>