Вам не нужна обратная косая черта, и, если идентификатор является целым числом, вам тоже не нужен '. Вы должны переписать это так:
"DELETE FROM bar WHERE user_id = '%s' and bar_id = '%s';"%(str(user_id), str(id))
И вы должны использовать подготовленные операторы, чтобы избежать внедрения SQL. Вы можете использовать подготовленное утверждение, как это (в этом вы должны снять ')
cursor.execute("DELETE FROM bar WHERE user_id = %s and bar_id = %s;",(str(user_id), str(id),))
EDIT
Если вы делаете что-то вроде:
x="1\'; UPDATE foo SET text = LOAD_FILE(\'/something/something.txt\'); --"
y="DELETE FROM bar WHERE user_id = \'%s\' and bar_id = \'%s" % (2,x)
То, что вы получаете в y, это
DELETE FROM bar WHERE user_id = '2' and bar_id = '1'; UPDATE foo SET text = LOAD_FILE('/something/something.txt'); --