обычно я вставляю зависимости в контроллер, как это
PersonController(IPersonRepository r)
{
\\ constrtuctor code
}
в моделях, вероятно, когда требуется какой-то экземпляр, который наследует интерфейс, вы делаете что-то подобное:
var r = container.Resolve<IPersonRepository>();