Могу ли я написать два разных ВРЕМЕНИ СОБЫТИЯ в регрессии Кокса в R студии? - PullRequest
Новая
       20

Могу ли я написать два разных ВРЕМЕНИ СОБЫТИЯ в регрессии Кокса в R студии?

0 голосов
/ 12 сентября 2018

У меня есть таблица ниже. Содержит информацию о 176 пациентах с определенной опухолью.

Некоторые пациенты испытывают рецидив (q $ рецидив == 1), а некоторые пациенты умирают в результате опухоли (q $ death == 1). Я знаю время до рецидива в месяцах (q $ time.recur.months) и время до смерти в месяцах (q $ months.to.death) - рассчитывается по дате постановки диагноза.

q $ dfs представляют пациентов с рецидивом или смертью по сравнению с теми, кто этого не сделал: 

q$dfs <- 1*I(q$recurrence==1 | q$death.by.meningioma=="yes")

Я хочу написать регрессию Кокса, но я хочу провести различие между смертью и рецидивом - и, следовательно, временем до события.

Общая идея 

cox <- coxph(Surv(TIME TO EVENTS, q$dfs) ~ 1 )

Я хочу, чтобы ВРЕМЯ СОБЫТИЯ было q $ time.recur.months в случае q $ recurence == 1 , но q $ months.to.death в случае смерти q $ .by.meningioma == "да"

В случае q $ recurrence == 1 AND q $ death.by.meningioma == "yes", ВРЕМЯ СОБЫТИЯ должно быть q $ time.recur.months.

Можно ли это сделать? 

## My Data
q <- structure(list(recurrence = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 
                               0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 
                               0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 
                               0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 
                               1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, NA, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
                               0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
                               0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 
                               0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 
                               0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
                               0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
                               0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 
                               0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L), time.recur.months = c(NA, NA, 
                                                                                      NA, NA, NA, NA, 92L, NA, NA, NA, 74L, NA, NA, NA, 2L, 8L, NA, 
                                                                                      NA, NA, NA, 58L, NA, NA, NA, NA, NA, 3L, NA, 4L, NA, NA, NA, 
                                                                                      NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 39L, NA, NA, NA, NA, 15L, NA, NA, 
                                                                                      NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 12L, 56L, 57L, NA, NA, 49L, 17L, 
                                                                                      NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 5L, 
                                                                                      NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 9L, NA, 
                                                                                      89L, NA, NA, NA, 8L, 6L, 8L, 4L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
                                                                                      NA, NA, NA, NA, NA, 60L, NA, NA, 38L, NA, NA, NA, NA, NA, 90L, 
                                                                                      NA, 58L, 54L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
                                                                                      NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
                                                                                      NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 53L, NA, NA, 124L, NA, NA, 
                                                                                      NA, NA, NA, NA, 7L, NA), death = structure(c(1L, 1L, 2L, 1L, 
                                                                                                                                   1L, 1L, 1L, 3L, 2L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 2L, 3L, 
                                                                                                                                   2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 3L, 1L, 3L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 
                                                                                                                                   1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 
                                                                                                                                   1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                                                   1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                                                   1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 3L, 3L, 
                                                                                                                                   3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                                                   1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                                                   1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                                                   1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 
                                                                                                                                   1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 3L, 2L), .Label = c("", 
                                                                                                                                                                                               "no", "yes"), class = "factor"), days.to.death = c(NA, NA, 2143L, 
                                                                                                                                                                                                                                                  NA, NA, NA, NA, 21L, 1279L, 18L, NA, NA, NA, NA, 349L, 627L, 
                                                                                                                                                                                                                                                  NA, NA, 142L, 21L, 3168L, NA, NA, NA, 3598L, NA, 832L, NA, 1795L, 
                                                                                                                                                                                                                                                  NA, 491L, NA, NA, 3309L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                  NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 2076L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                  NA, NA, NA, NA, 2333L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                  NA, NA, NA, NA, 182L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                  NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 654L, 1057L, 357L, 847L, 
                                                                                                                                                                                                                                                  NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                  NA, 1160L, NA, NA, 3022L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                  NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                  NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 3L, NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                  NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 2277L, NA, NA, 2679L, 1703L), months.to.death = c(NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                NA, 178.5833333, NA, NA, NA, NA, 1.75, 106.5833333, 1.5, NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                NA, NA, NA, 29.08333333, 52.25, NA, NA, 11.83333333, 1.75, 264, 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                NA, NA, NA, 299.8333333, NA, 69.33333333, NA, 149.5833333, NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                40.91666667, NA, NA, 275.75, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 173, NA, NA, NA, NA, NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                NA, NA, NA, NA, NA, 194.4166667, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 15.16666667, NA, NA, NA, NA, NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 54.5, 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                88.08333333, 29.75, 70.58333333, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 96.66666667, NA, NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                251.8333333, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 0.25, NA, NA, NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                NA, NA, NA, NA, NA, 189.75, NA, NA, 223.25, 141.9166667)), .Names = c("recurrence", 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      "time.recur.months", "death", "days.to.death", "months.to.death"
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ), class = "data.frame", row.names = c(NA, -176L))

Лучший Christian

...