Я предполагаю, что это проблема часового пояса. Обратите внимание, что в javadoc написано «миллисекунды с начала эпохи (00:00:00 GMT , 1 января 1970 г.)» (выделение добавлено). Возможно ли, что значение, которое вы передали в setModified, составляло миллисекунды с начала эпохи по местному времени ? Если это так, то у вас будет один час, поскольку местное время в Бельгии составляет GMT + 1. Это объясняет время в диалоговом окне свойств.
Я затрудняюсь объяснить разницу в 9 часов от lastModified (), если только java или ОС не каким-то образом кэшируют старое значение.