Пока у вас есть разные домашние каталоги (чтобы каталоги индексов не конфликтовали), и обе версии Solr поддерживают JVM, которую вы используете (и если нет - вам нужно будет установить несколько JVM иустановите соответствующие переменные окружения для этого), с несколькими установленными версиями будет работать нормально.
Но если вы решите использовать один и тот же каталог данных (и home / config), вы будете использовать любую версию - индексфайлы будут обновлены, и версия 4.x больше не сможет их читать - и конфигурация может не работать на 6, так как типы по умолчанию изменились.