Нет, текущая версия (5.2.10 бета) не поддерживает это.
Однако формат файла не является проприетарным - это простой zip-архив. Он содержит один XML-документ, который является полной моделью базы данных. Я написал этот ТАК вопрос пару месяцев назад с той же целью, что и у вас. Я хотел быть в состоянии сделать svn diff model.mwb
Ответ, который я получил, помог мне написать небольшой скрипт, который разархивировал файл перед передачей его в инструмент сравнения. Он работал прилично, и если вам интересно, я могу опубликовать его где-нибудь.
Я также совсем недавно создал тему на форуме Workbench об этой проблеме. Надеемся, что кто-то из команды разработчиков сможет предоставить дополнительную информацию по этому вопросу.
РЕДАКТИРОВАТЬ: теперь он отслеживается MySQL Bug # 51203 с целью 6,0.