Как оказалось, я пропустил параметр --jvm.cp и не собирал myClass.java до запуска узла .
Итак, вот рабочее решение.
файлы в каталоге:
./src/graalSample/Phone.java
./src/App.js
В исходном вопросе также была ошибка в имени пакета. Пакет должен был быть переименован из graal_vm_sample_js в graalSample .
Перед запуском файла App.js я запустил
javac -d ./out/production/graal_vm_sample_js/ ./src/graal/Phone.java
В результате файл класса был создан и стал доступен для Graal.
node --jvm --jvm.cp="/Users/myuser/source/graalvm_samples/graal_vm_sample_js/out/production/graal_vm_sample_js" /Users/myuser/source/graalvm_samples/graal_vm_sample_js/out/production/graal_vm_sample_js/App.js
Вывод выглядит как
12345
Calling ...someone