Сложность ваших требований к замене немного расплывчата, но если ваше решение должно использовать Java (что на самом деле не самый лучший инструмент для этой цели), то предложенные вами подходы разумны. Использование файла шаблона может быть предпочтительнее, поскольку оно позволяет программистам, не являющимся Java, обновлять шаблон PL-SQL более просто.
Стоит учесть, что если вы используете ant в качестве инструмента для сборки, выполните подстановку с помощью Ant, см. Тип filterset .