Вам нужно использовать функцию, которая знает об индексе объектов xts и zoo.Например, write.zoo()
:
library(xts)
data(sample_matrix)
x <- as.xts(sample_matrix)
x <- round(x*100)
write.zoo(head(x), sep = ",")
# "Index","Open","High","Low","Close"
# 2007-01-02,5004,5012,4995,5012
# 2007-01-03,5023,5042,5023,5040
# 2007-01-04,5042,5042,5026,5033
# 2007-01-05,5037,5037,5022,5033
# 2007-01-06,5024,5024,5011,5018
# 2007-01-07,5013,5022,4999,4999