Убедитесь, что вы приобрели переменную среды FLASK_DEBUG в своей рабочей среде.
в Unix $ export FLASK_DEBUG=1
в Windows set FLASK_DEBUG=1
Также app.run(debug=False, threaded=True)
работал в Python2.6 ... стоит попробовать.
Это также вызывает перезапуск приложения при обнаружении изменений в исходном файле приложения.