Вы можете использовать конструктор функций, он работает и с массивами:
Object.prototype.modify = function (path,value){
let a = Function("object","path","value","object"+path+"=value");
a(this,path,value)
}
var a = {b: {c: {d: 1}}};
var b = {b: {c: {d: [1,[10,20,30],3,4,5]}}};
a.modify(".b.c.d", 3)//<-- change value
b.modify(".b.c.d[1][0]", "new Value")//<-- change value
console.log(a)
console.log(b.b.c)