Обязательно разбейте их на 2 разных проекта.
API:
Использование WebAPI в visual studio в качестве отдельного проекта, привязка проекта к фиксированному порту в IIS.
ВЗАИМОДЕЙСТВУЕТ:
Используйте ReactJS с VS CODE в качестве нового проекта и дайте ему работать с тем локальным хостом: PORT, который вы определили в IIS.
При развертывании в производство вы можете использовать сервер Windows для запуска ОБА из них на IIS. Один другой сайт в качестве API (тогда вы можете указать api.DOMAIN.com в своем домене), а другой - на том же IIS-сервере, на котором будет выполняться код вашего клиента (www.DOMAIN.com), или вы можете настроить NODE для его запуска в Windows. , но тогда вам потребуется дополнительная работа, чтобы она работала в производственной среде.
Лично я бы не стал этого делать, и я бы запустил приложение реагирования на Apache или NGINX. И если это не крупномасштабный веб-сайт, вы можете просто использовать Heroku для развертывания.