Я не знаю, какие файлы создаются и изменяются, я бы выделил их из файлов приложения по соображениям безопасности, чтобы не сказать больше. Сказав это, чтобы ответить на ваш вопрос.
Это не должно влиять на производительность, если объем операций не будет настолько большим, что он будет использовать все iops на диске или компьютере / оперативной памяти машины.
На Kestrel это не повлияет, если вы не попытаетесь каким-либо образом изменить файлы, которые kestrel использует для приложения, и если вы используете dotnet watch run, он попытается перекомпилировать их и запустить на хосте, если не будет игнорировать их существование до хост перезапущен.
IIS также должен их игнорировать, но я не знаю, что произойдет, если у вас есть эти файлы в bin и вы попытаетесь перезапустить хост. Я попытался изменить и добавить файл и не перезапустить. Может быть, в настройках IIS что-то есть, но поскольку я не настроил IIS, мой ответ на этот счет отсутствует.