Вы можете использовать функцию toFixed (2), чтобы зафиксировать число с точностью до 2 десятичных знаков.
Это будет выглядеть так:
var leagueDues = 5.00;
var CourseFees = 14.50;
var totalLeagueDues = leagueDues * 16;
var totalCourseFees = CourseFees * 16;
var totalDues = totalCourseFees + totalLeagueDues;
document.getElementById('league').value = totalLeagueDues.toFixed(2);
document.getElementById('fee').value = totalCourseFees.toFixed(2);
document.getElementById('total').value = totalDues.toFixed(2);