Я выполнил эту команду:
git subtree add --prefix=config --squash git@github.com:user/repo.git master
в корневой папке я внес изменения и отправил на удаленный.
Файлы поддеревья в папке конфигурации были включены.
Должен ли я .gitignore каталог конфигурации? Почему он включает в себя файлы поддеревьев в родительском репозитории git?