Большинство файлов, перечисленных выше, могут храниться в той же папке, что и приложение, исполняемое самим. Как вы указали, на устройстве Windows Mobile нет учетной записи администратора. Одной из причин организации этих файлов на рабочем столе является поддержание четкого разделения пользовательских настроек. Поскольку устройства Windows Mobile разрабатываются для одного пользователя, таких средств для разделения пользователей не существует. Если бы это были файлы, которые должны были открываться непосредственно пользователем (например, текстовый документ), то в этот момент я бы предложил сохранить их в папке «Мои документы».
Единственный файл, который меня беспокоит, это файлы журнала. Вы упоминаете, что они могут стать большими по размеру. Они также могут находиться в папке приложения, но если они могут стать большими по размеру, вам нужно будет иметь возможность реагировать на сокращение объема памяти устройств (путем очистки части журналов).