Преобразование пользовательской 2D разреженной матрицы в сеть - PullRequest
Новая
       4

Преобразование пользовательской 2D разреженной матрицы в сеть

0 голосов
/ 13 мая 2018

У меня такой массив экспортирован из программы и выглядит так: 

1 2:1.827411e-02 3:5.355330e-02 4:1.827411e-02 5:1.827411e-02
2 1:1.827411e-02 3:1.903553e-02 4:4.568528e-03 5:4.568528e-03
3 1:5.355330e-02 2:1.903553e-02 4:1.903553e-02 5:1.903553e-02 6:7.461929e-02 11:3.350254e-02
4 1:1.827411e-02 2:4.568528e-03 3:1.903553e-02 5:4.568528e-03
5 1:1.827411e-02 2:4.568528e-03 3:1.903553e-02 4:4.568528e-03
6 3:7.461929e-02 7:1.903553e-02 8:1.903553e-02 9:5.355330e-02 10:1.903553e-02 11:3.350254e-02
7 6:1.903553e-02 8:4.568528e-03 9:1.827411e-02 10:4.568528e-03
8 6:1.903553e-02 7:4.568528e-03 9:1.827411e-02 10:4.568528e-03
9 6:5.355330e-02 7:1.827411e-02 8:1.827411e-02 10:1.827411e-02
10 6:1.903553e-02 7:4.568528e-03 8:4.568528e-03 9:1.827411e-02
11 3:3.350254e-02 6:3.350254e-02

Каждая строка описывает вес ребер (после символа двоеточия) между первым номером строки и числом перед символом двоеточия.

т.е. для первой строки: 

the weight between 1 and 2 is 1.827411e-02
the weight between 1 and 3 is 5.355330e-02
the weight between 1 and 4 is 1.827411e-02
the weight between 1 and 5 is 1.827411e-02

Так далее и далее для остальных строк.

Эту информацию я хотел бы как-то преобразовать в элемент igraph или network, чтобы провести дополнительный анализ. Есть ли эффективный способ сделать это?

1 Ответ

0 голосов
/ 13 мая 2018

Вы можете с помощью небольшого регулярного выражения вытащить соответствующие значения для формирования списка взвешенных ребер. 

# parent node : grab the first number
parent <- sub("(\\d+ ).*$", "\\1", r) 

# child node: grab everything after the first number and split it
child <- strsplit(sub("\\d+ (.*$)", "\\1", r), ":| ")

# cbind the parent node to the child    
dat2 <- cbind(rep(parent, lengths(child)/2), matrix(unlist(child), nc=2, byrow=TRUE))

mode(dat2) = "numeric" # change to numeric


# read in a graph: the weights are in the edge attributes
g <- igraph::graph_from_data_frame(dat2)

Данные

Предполагая, что ваши данныеэтой формы в текстовом файле (измените textConnection(txt) на путь к вашему файлу) 

txt <- 
  '1 2:1.827411e-02 3:5.355330e-02 4:1.827411e-02 5:1.827411e-02
2 1:1.827411e-02 3:1.903553e-02 4:4.568528e-03 5:4.568528e-03
3 1:5.355330e-02 2:1.903553e-02 4:1.903553e-02 5:1.903553e-02 6:7.461929e-02 11:3.350254e-02
4 1:1.827411e-02 2:4.568528e-03 3:1.903553e-02 5:4.568528e-03
5 1:1.827411e-02 2:4.568528e-03 3:1.903553e-02 4:4.568528e-03
6 3:7.461929e-02 7:1.903553e-02 8:1.903553e-02 9:5.355330e-02 10:1.903553e-02 11:3.350254e-02
7 6:1.903553e-02 8:4.568528e-03 9:1.827411e-02 10:4.568528e-03
8 6:1.903553e-02 7:4.568528e-03 9:1.827411e-02 10:4.568528e-03
9 6:5.355330e-02 7:1.827411e-02 8:1.827411e-02 10:1.827411e-02
10 6:1.903553e-02 7:4.568528e-03 8:4.568528e-03 9:1.827411e-02
11 3:3.350254e-02 6:3.350254e-02'

r <- readLines(textConnection(txt))
...