Вам нужно будет определить, хотите ли вы, чтобы ваш клиент видел код Community Edition
или нет.
Если угадаете, что это означает, что вы поставляете скомпилированный продукт программного обеспечения, я бы порекомендовал основную ветку со всем в ней и некоторыми опциями компиляции, чтобы включить или отключить функцию.
Если да, то если это какой-то открытый или интерпретируемый код, я бы порекомендовал git submodule
с общей частью и двумя репозиториями для Enterprise Edition
и Community Edition