$ cut -f2 -d'|' file1 > file1.2ndcolumn
$ cut -f2 -d'|' file2 > file2.2ndcolumn
$ diff file1.2ndcolumn file2.2ndcolumn
2,3c2,3
< Banana
< Cat
---
>
> Zibra
Или, если вы просто хотите сосчитать разные строки:
$ diff -y --suppress-common-lines file1.2ndcolumn file2.2ndcolumn | wc -l
Или, еще быстрее, как подсказал @Bodo в комментарии:
$ diff -y --suppress-common-lines file1 file2 | wc -l
поскольку вам не нужно рассматривать только второй столбец, учитывая, что первый файл одинаков в обоих файлах ...