Я предполагаю, что под «временем выполнения» вы подразумеваете, что после компиляции приложения у вас есть исполняемый байт-код.
Инструмент jdeprscan
может помочь.
https://docs.oracle.com/javase/9/tools/jdeprscan.htm
Не уверен, предоставляет ли она необходимую вам информацию. Это не произойдет во время выполнения, но будет сканировать Jar приложения, чтобы увидеть, есть ли вызовы устаревших API. Таким образом, вы можете получить ложные срабатывания.