R cca и Forect.cca в веганский - PullRequest
Новая
       13

R cca и Forect.cca в веганский

0 голосов
/ 15 ноября 2018

У меня есть таблица видов (данные), которая состоит из отдельных видов (столбцов) на выборку (строку). Образцы разделены на 2 категории: контроль и напряжение, которые представлены в файле проекта одним столбцом: Условие. Моя идея: удалить 10 образцов (тест), сделать CCA для (данные - 10 образцов) (поезд) и использовать CCA для прогнозирования координат 10 образцов.

train.cca <- cca (поезд ~ состояние, данные = дизайн) </p>

Вот результаты:

Собственные значения для стесненных осей: CCA1 0,078

123 собственных значений без ограничений (CA1 ... CA123)

Я могу представить объект cca с plot (train.cca): enter image description here

Цвета: синий (контроль) и красный (стресс).

Оси построены по координатам CCA1 и первому собственному значению без ограничений (CA1). Далее я попытался предсказать данные испытаний (10 образцов):

прогноз (объект = train.cca, модель = "CCA", тип = "wa", новые данные = тест)

эта функция дает мне набор из 10 координат CCA1:

CCA1 0,92 0,25 0,13 0,41 1,49 0,18 0,99 1,44 2,03 0,17

Мой вопрос: как я могу разместить их на сюжете? Все веганские примеры (? Предикат.cca) имеют несколько координат CCA, поэтому я застрял с этим одномерным выводом, который я не могу представить на графике (я пропускаю 10 координат CA1). Я правильно поступаю?

1 Ответ

0 голосов
/ 19 ноября 2018

Это правда, что веганский возвращает баллы только для одного компонента ("CCA" или "CA") в predict. Таким образом, вам нужно получить компоненты отдельно и объединить их с cbind(), если вы хотите получить результаты по нескольким компонентам, как в этом случае, когда компонент CCA имеет только одну ось: 

ax1 <- predict(object=train.cca, model="CCA", type="wa", newdata=test)
ax2 <- predict(object=train.cca, model="CA", rank=1, type="wa", newdata=test)
ax12 <- cbind(ax1,ax2)
points(ax12) # to add points to an existing grapch
...