Sonarqube не только анализирует исходный код.Он также создает некоторые отчеты о покрытии кода тестами.Поэтому тесты должны быть выполнены, и весь ваш код должен быть скомпилирован.
Если ваш проект на Java, этот post также объясняет, что Sonarqube выполняет семантический анализ на основе .class file