Возможно ли, что 3js изменяет uuid объектов за сценой? Я думал, что uuid постоянен и только он может быть изменен разработчиком вручную.
Пожалуйста, сначала прочтите документы, https://threejs.org/docs/#api/en/core/Object3D.id. Там четко сказано, что это только для чтения.