Цикл for выполняет итерацию от 0 до 99, но предполагает, что в этом массиве 99 элементов, поэтому, если их нет, вы видите исключение ArrayIndexOutOfBoundsException.
Одно исправление может быть изменено:
String[] s3 = s1.split("\\ ");
и
String[] s4 = s2.split("\\ ");
Так что цикл for можно изменить на:
for (int i = 0 ; i< s3.length(); i++){
if(s3[i].equals(s4[i])){
System.out.print(s3[i]);
}
}
Как упоминал @Scary Wombat, проще сравнивать две строки, используя string1.equals(string2)
вместо проверки массивов символов.