После долгой работы с WebSphere версия JDK очень важна. WebSphere 6.1 поставляется с IBM JDK 1.5 (или 5). Когда вы исправляете WebSphere, есть и эквивалентные исправления для JDK. Хотя он может работать с другой версией JDK (даже с другим поставщиком), я сомневаюсь, что вы получите большую поддержку от IBM, если что-то пойдет не так.
Если вам нужна 64-битная JVM, я бы предположил, что, вероятно, есть 64-битная сборка, хотя я не могу комментировать конкретно Windows, я могу сказать вам, что есть 64-битная сборка WebSphere 6.1 для AIX и Linux.
Лучший ответ - проконсультироваться с продавцом и узнать, будут ли они поддерживать вашу конфигурацию. То, что вы не хотите делать, - это заставить его работать, затем вызвать проблему вживую, вызвать службу поддержки и выяснить, что у вас неподдерживаемая среда.