Вы не можете создавать собственные приложения для Windows / Mac во Flash. Что вы можете сделать, это использовать AIR (Adobe Integrated Runtime) для создания приложений AIR, которые запускаются на вашем рабочем столе. Они не совсем нативные - для работы им требуется среда выполнения AIR, немного похоже на то, как программы Java требуют JRE.
Однако Adobe проделала довольно хорошую работу, сделав загрузку и установку во время выполнения довольно удобной. Когда вы устанавливаете свое первое приложение AIR, оно устанавливает среду выполнения, если у вас его нет.
После этого вы полностью контролируете внешний вид вашего приложения. Если вы хотите, чтобы оно выглядело как нативное приложение Windows, которое в большей или меньшей степени зависит от вас, - если ваши дизайнерские решения соответствуют поставленной задаче, вы можете имитировать его довольно хорошо. Большинство людей, однако, не пытаются - одна из причин заключается в том, что приложения AIR работают как на Mac, так и на Windows, хотя в теории вы могли бы сказать, что они эмулируют свою ОС.
Если вам нужен пример приложений AIR, посмотрите TweetDeck - он, вероятно, наиболее широко используемый. Кроме этого, запустите поиск Google для Adobe AIR Marketplace.
Надеюсь, это помогло!