К сожалению, как вы сказали, отслеживание изменений должно быть включено на уровне сущности, а пересекаемая сущность, созданная в отношениях между многими родителями, не настраивается. Так что нет способа сделать это.
Если установлено отношение «многие ко многим» вручную (1: N с обеих сторон), то вы получаете пересекающуюся сущность для включения отслеживания изменений.
Редактировать
Заметил, что родная связь N: N также создает таблицу в базе данных (которая нигде не видна) и синхронизируется с помощью службы экспорта данных без необходимости включения «отслеживания изменений».