Zorro
Совместное использование куки-файла авторизации на основе форм (FBA) было бы одним из более дешевых и простых способов изучения / внедрения, но вы указали, что FBA не подходит для вас. Тем не менее ...
... не зная больше о настраиваемом механизме аутентификации, который у вас есть в вашем приложении ASP.NET, очень трудно предложить хорошее предложение. Вопрос CptSkippy (относительно примирения) является хорошим, поскольку он становится основой для того, что возможно, а что нет. Если ваше приложение и сайт не имеют общей пользовательской базы, то SSO становится настоящей проблемой.
Я не знаю, насколько это возможно для вас и вашей ситуации, но сервер Microsoft ISA 2006 делает замечательную работу, когда используется в роли единого входа. Он поддерживает широкий спектр механизмов публикации и аутентификации и прекрасно работает с SharePoint, используя аутентификацию NTLM и Kerberos:
http://technet.microsoft.com/en-us/library/bb794722.aspx
Опять же, большой вопрос - ваше собственное приложение ASP.NET. Если у вас есть некоторая гибкость, ISA может быть вариантом.
За что это стоит!