Параметры компиляции для библиотеки SQLite, поставляемой с Android, могут быть выбраны производителем при создании платформы Android. А «может быть выбран» означает, что никто не мешает это сделать, поэтому вы всегда получаете значение по умолчанию, FTS4.
Если вам нужно что-то еще, вы должны скомпилировать свою собственную копию библиотеки SQLite с помощью NDK.