Компилятор принимает каждый класс через ссылки. Сначала должен быть скомпилирован нижний слой (без внутренних ссылок на проекты), затем слои, которые ссылаются на другие внутренние проекты и так далее. Поэтому да, время компиляции будет немного увеличено из-за того, что компилятор должен сортировать ссылки и создавать несколько двоичных файлов.
С другой стороны, большинство крупных проектов ДОЛЖНЫ быть разделены на несколько проектов и пространств имен для удобства чтения и навигации. Это действительно зависит от того, что вы делаете, но вы можете поместить 1000 классов в один файл, или несколько файлов, или несколько файлов в нескольких проектах. Количество времени (минимальное), сэкономленное во время компиляции, не сравнится с потраченным временем на поиск материалов в плохо продуманном решении.
При решении 2 проектов с 5 классами время компиляции будет в миллисекундах отличаться от одного проекта из 10 классов. Ссылки и ссылки - это единственное реальное увеличение, которое вы увидите, и оно минимально.
РЕДАКТИРОВАТЬ: с другой стороны, если у вас есть проект, достаточно большой, чтобы вы заметили реальную разницу во времени компиляции, вам, вероятно, следует подумать о реализации некоторой непрерывной интеграции (см .: http://en.wikipedia.org/wiki/Continuous_integration) среда, которая будет держать текущую сборку готовой для вас, а также сообщать вам, если что-то сломалось.