Если вы хотите взять одну букву из первой строки, а затем из другой, попробуйте следующее:
for (int i = 0; i < s.length() || i < t.length(); i++) {
if (i < s.length()) {
merge += String.valueOf(s.charAt(i));
}
if (i < t.length()) {
merge += String.valueOf(t.charAt(i));
}
}
Это условие, позволяющее выполнять итерации до более длинного String
финиша
i < s.length() || i < t.length()