Вы, вероятно, просматриваете свой список, пытаясь выяснить, нужно ли вам что-то удалить - вы никогда повторяете список, из которого хотите вставить / удалить - его рецепт за беду.
Вместо этого создайте новый список:
a = ['book', 'house', 'tree', 'ambulance', 'window', 'Dragonball', 'alfa']
b = [e for e in a if e not in {"book","tree"}]
print(b)
Выход:
['house', 'ambulance', 'window', 'Dragonball', 'alfa']