По моему опыту портирование приложения Asp.NET было в основном безупречным. Запуск на 32-битной машине и на 64-битной, и никаких проблем не возникает, кроме наличия дополнительной памяти. Это происходит потому, что многие из уже упомянутых проблем (реестр, многопоточность и т. Д.) Управляются Asp.NET, и вам необходимо правильно исправить их для запуска в среде Asp.NET.
На стороне клиента (в форме Windows) произошло то же самое, но если вы использовали некоторые «небезопасные» API для получения специальных папок или доступа к реестру, то может возникнуть некоторая проблема, как уже указывалось.
С уважением
Massimo