Используйте
ffmpeg -loop 1 -i image.png -vf "crop=iw/3:ih/4:mod(n,3)*iw/3:trunc(n/3)*ih/4" -vframes 12 out%d.png
Для полного охвата изображения ширина изображения должна делиться на 3, а высота на 4.
Для квадратного вывода установите высоту обрезки на ширину обрезки. Вертикальная обрезка оставляет некоторое пространство сверху и снизу.
ffmpeg -loop 1 -i image.png -vf "crop=iw/3:iw/3:mod(n,3)*iw/3:trunc(n/3)*iw/3+(ih-iw)/2" -vframes 12 out%d.png
(Этот метод требует, чтобы ih / 4> iw / 3 для желаемого выхода)