Основные пакеты больше не доступны в Miktex

Question

Я только недавно получил новый ПК, и поэтому мне пришлось переустановить R, RStudio и Miktex, чтобы запустить некоторые отчеты, которые я ранее построил с использованием R Markdown. Однако с момента новой установки один из моих отчетов больше не может вязать в PDF. Поскольку с другими отчетами все в порядке, я подозревал, что это произошло из-за пакетов, требуемых в этом конкретном отчете. Чтобы решить эту проблему, я использовал консоль Miktex 2.9 для установки необходимых пакетов, но, к сожалению, мне не удалось найти некоторые из них, а именно: «lmodern», «fontec», «helvet» и «transparent».

Кто-нибудь знает, как, а) снова получить эти пакеты или б) получить альтернативные пакеты, которые будут выполнять те же функции?

Это мой заголовок Markdown, который, надеюсь, поможет увидеть, что я делаю / может понадобиться:

fontsize: 12pt
header-includes:
  - \usepackage{setspace}
  - \usepackage{fancyhdr}
  - \usepackage{url}
  - \usepackage{lmodern}
  - \usepackage[T1]{fontenc}
  - \usepackage{helvet}
  - \usepackage{eso-pic,graphicx,transparent}
output: 
  pdf_document:
    fig_caption: yes  
    includes:
      in_header: PHA_TEST2.tex
bibliography: bibliography.bib
csl: bmj.csl
---
\AddToShipoutPictureBG*{
\put(0,0){%
\parbox[b][\paperheight]{\paperwidth}{%
\centering{\transparent{0.2} \includegraphics[width=\paperwidth, height=\paperheight]{plates2017_lp2.jpg}}%
    }
  }
}
\onehalfspacing
\addtolength{\headheight}{1.0cm}
\pagestyle{fancyplain}
\pagenumbering{gobble} 
\lhead{\includegraphics[height=1.2cm]{PHAlogo.png}}
\newpage
\pagenumbering{arabic} 
\setcounter{tocdepth}{3}
\tableofcontents
\renewcommand{\familydefault}{\sfdefault}