Существует два простых способа очистки кэша:
Параметры запроса - Добавление версии в качестве параметра к имени файла -
<script src="main.js?v=3.0.0"></script>
#Изменить имя файла - изменить имя файла для каждой версии,
main.version.3.0.0.sa54dasdsf.js
main.version.4.0.0.we343325.js