Поскольку вы не предоставляете никаких примеров того, как ваш графический объект рисует вашу фигуру, первое, что пришло мне в голову:
// do what you need to have x an y
plot(x,y)
set(gca(),'data_bounds',[min(x),min(y); max(x),max(y)]
Также я предлагаю обновить поле data
вашей графики.сущность вместо удаления целых детей.
// do what you need to have x an y
set(plothandle,'data',[x,y])
set(gca(),'data_bounds',[min(x),min(y); max(x),max(y)]