Это наиболее вероятно из-за опечатки пути где-нибудь.
Например, если в вашем app.js вы используете app.use(express.static(__dirname + '/static/'));
, то в теге скрипта вам нужно будет использовать <script src="js/script.js">
Если выизменил ваш app.js на app.use(express.static(__dirname + '/static'));
Тогда вам нужно будет использовать <script src="/js/script.js"></script>
Проверяйте везде, что вы ссылаетесь на этот файл, и убедитесь, что вы указали правильный путь к файлу.