Экспорт функций с помощью Roxygen2 экспортирует все функции в моем коде вместо той, которую я хочу - PullRequest
0 голосов
/ 23 января 2019

Я создаю свой собственный пакет впервые, и он наконец-то собирается без проблем. Проблема в том, что я экспортирую только одну функцию с Roxygen2 (6.0.1), так как она используется единственно, но когда я собираю и загружаю свой пакет, все функции, присутствующие в нем, экспортируются. (Когда я смотрю с пакетом ::)

Я искал похожие случаи, но не нашел

Вот комментарии Roxygen перед самой функцией:

#' Do a plot
#'
#' @param region a GRange object with chr, start, end
#' @param genome a character vector "hg19","hg38" or "mm10"
#' @param BAM a path to the BAM related csv input file
#' @param BED a path to the BED related csv input file
#' @param avgTrack a logical indicating if the average track should be present or not
#' @param geneTrack a logical indicating if the gene track should be present or not
#' @param max a vector of number containing the maximum of each BAM track
#'
#' @export
myfunction <- function(){}

А вот NAMESPACE, сгенерированный Roxygen2:

# Generated by roxygen2: do not edit by hand

export(myfunction)
importFrom(GenomicRanges,findOverlaps)
importFrom(IRanges,elementNROWS)
importFrom(IRanges,splitAsList)
importFrom(S4Vectors,List)
importFrom(S4Vectors,queryHits)
importFrom(S4Vectors,subjectHits)
importFrom(S4Vectors,subjectLength)
importFrom(biomaRt,getBM)
importFrom(grDevices,hcl)
importFrom(graphics,axis)
importFrom(graphics,legend)
importFrom(graphics,lines)
importFrom(graphics,par)
importFrom(graphics,plot)
importFrom(graphics,plot.new)
importFrom(graphics,rect)
importFrom(graphics,segments)
importFrom(graphics,text)
importFrom(rbamtools,bamCount)
importFrom(rbamtools,bamReader)
importFrom(rbamtools,getRefCoords)
importFrom(utils,read.table)

когда я делаю mypackage :: у меня должна быть только одна функция, показывающая (mypackage :: myfunction), когда я получаю все функции, которые есть в моем коде.

1 Ответ

0 голосов
/ 23 января 2019

Поэтому по некоторым причинам, когда я изменяю свое NAMESPACE с export(myfunction) на export("myfunction"), я получаю ожидаемый результат.

Этого также можно добиться, используя #' @export "myfunction" с синтаксисом Roxygen2.

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...