Вы можете прочитать изображение, используя альфа-канал и найти нулевые значения в альфа-канале
img = cv2.imread('flower.png', cv2.IMREAD_UNCHANGED)
alpha = (img[:,:,3] == 0)
indices = np.nonzero(alpha)
print(indices)
Вы можете использовать np.array(indices).sort()
для сортировки индексов